CoGenesis® 胃腸道疾病

CoGenesis® 胃腸道疾病是一項全面的次世代定序（NGS）基因組合，涵蓋312個基因，跨越罕見遺傳性胃腸道及肝臟疾病的完整基因圖譜。本組合可能適用於已接受廣泛臨床評估但仍未獲明確診斷的患者。

確認遺傳性胃腸道疾病的遺傳病因有助於改變臨床處理方向：指導治療選擇、啟動家族級聯篩查、提供生殖諮詢。

肝臟及膽道疾病： 涵蓋遺傳性膽汁淤積症，包括進行性家族性肝內膽汁淤積症（PFIC，ABCB11、ATP8B1、ABCB4、TJP2、NR1H4）、膽汁酸合成缺陷（CYP7A1、CYP7B1、HSD3B7、AKR1D1、CYP27A1）、Alagille綜合症（JAG1、NOTCH2）、Wilson病（ATP7B）、遺傳性血色病（HFE、HFE2、TFR2）、α1-抗胰蛋白酶缺乏症（SERPINA1）、Dubin-Johnson綜合症（ABCC2）、遺傳性酪氨酸血症I型（FAH）、溶酶體酸性脂肪酶缺乏症（LIPA）及Niemann-Pick病（SMPD1、NPC1、NPC2）。

炎症性腸病及免疫失調： 涵蓋早發性IBD的單基因病因，包括IL10、IL10RA、IL10RB（IL-10信號通路缺陷）、NOD2、ATG16L1、IL23R、FOXP3（IPEX綜合症）、XIAP、LRBA、PIK3CD、PIK3R1、STAT1及STAT3。慢性肉芽腫病（CYBA、CYBB、NCF1、NCF2、NCF4）及其他以胃腸道疾病為主要表現的原發性免疫缺陷亦被涵蓋。

腸道動力及結構障礙： 全面涵蓋先天性巨結腸（Hirschsprung病），包括RET、EDNRB、EDN3、GDNF、GFRA1、SOX10、PHOX2B及相關神經嵴基因。腸道假性梗阻（ACTG2、FLNA、MYH11）、微絨毛包涵病（MYO5B）、多發性腸閉鎖（TTC7A）及其他動力障礙亦被納入。

吸收不良及先天性腸病： 涵蓋半乳糖血症（GALT、GALE、GALK1、GALM）、遺傳性果糖不耐症（ALDOB）、糖原貯積症（GBE1、SLC37A4、G6PC3）、毛髮-肝-腸綜合症（TTC37、SKIV2L）及離子轉運蛋白缺陷導致的先天性腹瀉（SLC9A3、SLC10A2）。

過氧化物酶體病（有胃腸道表現）： 涵蓋Zellweger譜系障礙的完整PEX基因組（PEX1至PEX26）及D-雙功能蛋白缺乏症（HSD17B4）。

腸道息肉及遺傳性結直腸綜合症： 涵蓋PTEN（Cowden/PTEN錯構瘤腫瘤綜合症）、EPCAM（Lynch綜合症）及PTCH1（Gorlin綜合症伴胃腸道息肉）。

1. 嬰兒或兒童出現不明原因的新生兒或早發性膽汁淤積、結合型高膽紅素血症或進行性肝病，標準檢查未能明確病因，包括懷疑PFIC、膽汁酸合成缺陷或Alagille綜合症。
2. 早發性或極早發性炎症性腸病患者（6歲前發病）、難治性IBD，或IBD伴有提示原發性免疫缺陷特徵的患者（IPEX、IL-10信號缺陷、慢性肉芽腫病、XIAP缺乏症）。
3. 懷疑先天性巨結腸或慢性腸道假性梗阻的新生兒或兒童，需進行分子分類以指導手術規劃及評估綜合症性關聯（神經嵴疾病、MMIHS）。
4. 原因不明吸收不良、先天性腹瀉或懷疑碳水化合物或脂肪酸代謝先天性缺陷的患者（半乳糖血症、遺傳性果糖不耐症、糖原貯積症、毛髮-肝-腸綜合症或過氧化物酶體病）。
5. 懷疑遺傳性息肉病或家族性結直腸癌綜合症（Cowden/PTEN錯構瘤腫瘤綜合症、Lynch綜合症、Gorlin綜合症），或需要分子確診的遺傳性肝臟代謝疾病（Wilson病、遺傳性血色病、α1-抗胰蛋白酶缺乏症）。

6 sub-panels included:

4mL週邊血液 (EDTA)、2mL唾液或口腔拭子

推薦樣本類型：

• 4毫升血液（EDTA抗凝血管）

• Codex提供的口腔拭子（4支）

• Codex提供的唾液採集套裝（2毫升）

**唾液或口腔拭子樣本採集：**請遵循包裝內的說明；採集前30分鐘內請勿進食、飲水或吸煙。

• 結果可能顯示致病性、可能致病性或意義未明的變異 (VUS)。
• 陽性結果可指導降低風險的策略與治療選擇。
• 建議進行遺傳諮詢，以協助家庭理解結果意義。

遺傳性胃腸道疾病涵蓋一組臨床多樣的罕見疾病，影響肝臟、膽道系統、腸道及腸道神經系統。個別疾病患病率低——許多低於1/100,000——但整體負擔相當可觀，且常在嬰兒期或兒童期出現非特異性症狀，如新生兒黃疸、慢性腹瀉、生長遲滯或反覆腹痛。未經基因診斷，患者往往需要長期及侵入性的診斷評估才能確定病因。

遺傳性肝臟及膽道疾病是最大的遺傳亞類別之一。家族性肝內膽汁淤積症（PFIC）與肝小管轉運蛋白缺陷（ABCB11、ATP8B1、ABCB4）及緊密連接蛋白缺陷（TJP2）相關，合併患病率估計約1/50,000至1/100,000。分子診斷有助指導迴腸膽汁酸轉運蛋白（IBAT）抑制劑的使用資格。Wilson病（ATP7B）患病率約1/30,000，可通過螯合治療有效治療。最常見的遺傳性肝病：α1-抗胰蛋白酶缺乏症（SERPINA1）影響約1/2,500至1/3,500歐洲人。Alagille綜合症（JAG1、NOTCH2）患病率約1/30,000至1/50,000，以膽管稀疏、心臟及椎體異常為特徵。

單基因炎症性腸病（IBD）在極早發性IBD（VEO-IBD，6歲前發病）中占不成比例的高比例。已確認逾80個基因為VEO-IBD的孟德爾病因，包括IL10/IL10RA/IL10RB（IL-10信號通路）、FOXP3（IPEX綜合症）、XIAP、LRBA、PIK3CD/PIK3R1（APDS）及NOD2。以IBD為主要表現的原發性免疫缺陷，如慢性肉芽腫病（CGD；CYBA、CYBB、NCF1/2/4）或可通過造血幹細胞移植（HSCT）治療。VEO-IBD中單基因病因的診斷率在15–50%之間，取決於發病年齡及臨床特徵。

先天性巨結腸（HSCR）由神經嵴細胞向遠端腸道遷移失敗引起，患病率約1/5,000，是最常見的新生兒腸梗阻病因。RET是主要易感基因，佔家族性病例的50%及散發性病例的15–20%；其他基因包括EDNRB、EDN3、GDNF、SOX10及PHOX2B。分子診斷可識別影響多學科管理的綜合症性關聯（Waardenburg-Shah綜合症、Mowat-Wilson綜合症、先天性中樞性換氣不足綜合症）。慢性腸道假性梗阻（CIPO）由平滑肌病（ACTG2、FLNA、MYH11）引起，有顯著不同的手術指征。

由於相同的表現型（如新生兒膽汁淤積、早發性IBD、腸梗阻）可由數十種不同基因的變異引起，CoGenesis® 胃腸道疾病組合有助於闡明遺傳性胃腸道疾病固有的遺傳複雜性及臨床重疊。