CoGenesis® 胃肠道疾病

CoGenesis® 胃肠道疾病是一项全面的下一代测序（NGS）基因组合，涵盖312个基因，跨越罕见遗传性胃肠道及肝脏疾病的完整基因图谱。本组合可能适用于已接受广泛临床评估但仍未获明确诊断的患者。

确认遗传性胃肠道疾病的遗传病因有助于改变临床处理方向：指导治疗选择、启动家族级联筛查、提供生殖咨询。

肝脏及胆道疾病： 涵盖遗传性胆汁淤积症，包括进行性家族性肝内胆汁淤积症（PFIC，ABCB11、ATP8B1、ABCB4、TJP2、NR1H4）、胆汁酸合成缺陷（CYP7A1、CYP7B1、HSD3B7、AKR1D1、CYP27A1）、Alagille综合征（JAG1、NOTCH2）、Wilson病（ATP7B）、遗传性血色病（HFE、HFE2、TFR2）、α1-抗胰蛋白酶缺乏症（SERPINA1）、Dubin-Johnson综合征（ABCC2）、遗传性酪氨酸血症I型（FAH）、溶酶体酸性脂肪酶缺乏症（LIPA）及Niemann-Pick病（SMPD1、NPC1、NPC2）。

炎症性肠病及免疫失调： 涵盖早发性IBD的单基因病因，包括IL10、IL10RA、IL10RB（IL-10信号通路缺陷）、NOD2、ATG16L1、IL23R、FOXP3（IPEX综合征）、XIAP、LRBA、PIK3CD、PIK3R1、STAT1及STAT3。慢性肉芽肿病（CYBA、CYBB、NCF1、NCF2、NCF4）及其他以胃肠道疾病为主要表现的原发性免疫缺陷亦被涵盖。

肠道动力及结构障碍： 全面涵盖先天性巨结肠（Hirschsprung病），包括RET、EDNRB、EDN3、GDNF、GFRA1、SOX10、PHOX2B及相关神经嵴基因。肠道假性梗阻（ACTG2、FLNA、MYH11）、微绒毛包涵病（MYO5B）、多发性肠闭锁（TTC7A）及其他动力障碍亦被纳入。

吸收不良及先天性肠病： 涵盖半乳糖血症（GALT、GALE、GALK1、GALM）、遗传性果糖不耐症（ALDOB）、糖原贮积症（GBE1、SLC37A4、G6PC3）、毛发-肝-肠综合征（TTC37、SKIV2L）及离子转运蛋白缺陷导致的先天性腹泻（SLC9A3、SLC10A2）。

过氧化物酶体病（有胃肠道表现）： 涵盖Zellweger谱系障碍的完整PEX基因组（PEX1至PEX26）及D-双功能蛋白缺乏症（HSD17B4）。

肠道息肉及遗传性结直肠综合征： 涵盖PTEN（Cowden/PTEN错构瘤肿瘤综合征）、EPCAM（Lynch综合征）及PTCH1（Gorlin综合征伴胃肠道息肉）。

1. 婴儿或儿童出现不明原因的新生儿或早发性胆汁淤积、结合型高胆红素血症或进行性肝病，标准检查未能明确病因，包括怀疑PFIC、胆汁酸合成缺陷或Alagille综合征。
2. 早发性或极早发性炎症性肠病患者（6岁前发病）、难治性IBD，或IBD伴有提示原发性免疫缺陷特征的患者（IPEX、IL-10信号缺陷、慢性肉芽肿病、XIAP缺乏症）。
3. 怀疑先天性巨结肠或慢性肠道假性梗阻的新生儿或儿童，需进行分子分类以指导手术规划及评估综合征性关联（神经嵴疾病、MMIHS）。
4. 原因不明吸收不良、先天性腹泻或怀疑碳水化合物或脂肪酸代谢先天性缺陷的患者（半乳糖血症、遗传性果糖不耐症、糖原贮积症、毛发-肝-肠综合征或过氧化物酶体病）。
5. 怀疑遗传性息肉病或家族性结直肠癌综合征（Cowden/PTEN错构瘤肿瘤综合征、Lynch综合征、Gorlin综合征），或需要分子确诊的遗传性肝脏代谢疾病（Wilson病、遗传性血色病、α1-抗胰蛋白酶缺乏症）。

6 sub-panels included:

4mL周边血 (EDTA)、2mL唾液或口腔拭子

推荐样本类型：

• 4毫升血液（EDTA抗凝管）

• Codex提供的口腔拭子（4支）

• Codex提供的唾液采集套装（2毫升）

**唾液或口腔拭子样本采集：**请遵循包装内的说明；采集前30分钟内请勿进食、饮水或吸烟。

• 结果可能显示致病性、可能致病性或意义未明的变异 (VUS)。
• 阳性结果可指导风险降低策略和治疗选择。
• 建议进行遗传咨询，帮助家庭理解结果意义。

遗传性胃肠道疾病涵盖一组临床多样的罕见疾病，影响肝脏、胆道系统、肠道及肠道神经系统。个别疾病患病率低，许多低于1/100,000，但整体患病率相当可观，且常在婴儿期或儿童期出现非特异性症状，如新生儿黄疸、慢性腹泻、生长迟滞或反复腹痛。未经基因诊断，患者往往需要长期及侵入性的诊断评估才能确定病因。

遗传性肝脏及胆道疾病是最大的遗传亚类别之一。进行性家族性肝内胆汁淤积症（PFIC）与肝小管转运蛋白缺陷（ABCB11、ATP8B1、ABCB4）及紧密连接蛋白缺陷（TJP2）相关，合并患病率估计约1/50,000至1/100,000。分子诊断有助指导回肠胆汁酸转运蛋白（IBAT）抑制剂的使用资格。Wilson病（ATP7B）患病率约1/30,000，可通过螯合治疗有效治疗。最常见的遗传性肝病：α1-抗胰蛋白酶缺乏症（SERPINA1）影响约1/2,500至1/3,500欧洲人。Alagille综合征（JAG1、NOTCH2）患病率约1/30,000至1/50,000，以胆管稀疏、心脏及椎体异常为特征。

单基因炎症性肠病（IBD）在极早发性IBD（VEO-IBD，6岁前发病）中占不成比例的高比例。已确认逾80个基因为VEO-IBD的孟德尔病因，包括IL10/IL10RA/IL10RB（IL-10信号通路）、FOXP3（IPEX综合征）、XIAP、LRBA、PIK3CD/PIK3R1（APDS）及NOD2。以IBD为主要表现的原发性免疫缺陷，如慢性肉芽肿病（CGD；CYBA、CYBB、NCF1/2/4）可通过造血干细胞移植（HSCT）治疗。VEO-IBD中单基因病因的诊断率在15–50%之间，取决于发病年龄及临床特征。

先天性巨结肠（HSCR）由神经嵴细胞向远端肠道迁移失败引起，患病率约1/5,000，是最常见的新生儿肠梗阻病因。RET是主要易感基因，占家族性病例的50%及散发性病例的15–20%；其他基因包括EDNRB、EDN3、GDNF、SOX10及PHOX2B。分子诊断可识别影响多学科管理的综合征性关联（Waardenburg-Shah综合征、Mowat-Wilson综合征、先天性中枢性换气不足综合征）。慢性肠道假性梗阻（CIPO）由平滑肌病（ACTG2、FLNA、MYH11）引起，有显著不同的手术指征。

由于相同的表现型（如新生儿胆汁淤积、早发性IBD、肠梗阻）可由数十种不同基因的变异引起，CoGenesis® 胃肠道疾病组合有助于阐明遗传性胃肠道疾病固有的遗传复杂性及临床重叠。