Metagenomics

Codex Genetics offers metagenomics sequencing for microbiome research and clinical infectious disease profiling. Choose from targeted 16S rRNA gene sequencing or unbiased whole metagenome shotgun sequencing (mWGS).

This test analyzes the 16S ribosomal RNA gene, a highly conserved genetic marker found in bacteria. By sequencing specific regions of this gene, it enables accurate identification and classification of bacterial species present in a sample. The method is widely used in microbiome research, clinical diagnostics, and environmental studies to profile microbial communities, detect pathogens, and study bacterial diversity. Results provide insights into the composition and relative abundance of bacteria, supporting both clinical decision-making and scientific investigations.

16S rRNA Gene Sequencing

Whole Metagenome Sequencing (mWGS) is a shotgun sequencing approach that reads all the DNA present in a clinical sample, without needing to grow a microbe in a laboratory culture. Rather than targeting a single pathogen or gene, it captures the entire genetic content of the microbial community at once, identifying bacteria, fungi, viruses, and parasites simultaneously.

Traditional diagnostic microbiology relies on culturing microorganisms, a process that may miss organisms that are difficult to grow, requires days to weeks, and cannot reveal the full community structure of the microbiome. mWGS overcomes these limitations because it does not require prior knowledge of what pathogen to look for, it is particularly powerful for diagnosing infections that have failed standard testing.

The test has two complementary applications:

**Infectious disease diagnosis:** In cases of culture-negative sepsis, unexplained meningitis or encephalitis, pneumonia in immunocompromised patients, or complex wound infections, mWGS can identify the causative organism and simultaneously screen for antibiotic resistance genes using curated database. This supports targeted antimicrobial therapy and helps clinicians move away from broad-spectrum antibiotic use.

**Microbiome profiling:** The composition of the gut, oral, skin, and respiratory microbiome is increasingly recognised as a major determinant of health and disease. Dysbiosis has been linked to inflammatory bowel disease, metabolic syndrome, recurrent infections, atopic disease, and even neurological conditions. mWGS provides species-level and strain-level resolution of the microbiome alongside functional information about metabolic pathways encoded by the microbial community. This goes beyond 16S rRNA amplicon sequencing, which has limited resolution and cannot detect fungi, viruses, or parasites.

Shotgun metagenomics for gut microbiome profiling, culture-negative infection diagnosis, and antibiotic resistance gene detection.

Whole Metagenome Sequencing (mWGS) | Microbiome & Pathogen Detection | Codex Genetics

Shotgun metagenomic sequencing directly characterises all microorganisms, including bacteria, fungi, viruses, and parasites, enabling culture-independent pathogen identification and simultaneous antibiotic resistance gene profiling.

Whole Metagenome Sequencing (mWGS)

元基因组学

利用宏基因组定序技术，全面分析肠道微生物群落的组成及多样性。

该检测分析细菌中高度保守的 16S RNA 基因。通过对该基因特定区域进行测序，可以准确识别和分类样本中的细菌种类。该方法广泛应用于微生物组研究、临床诊断和环境研究，用于分析微生物群落、检测病原体以及研究细菌多样性。检测结果能够提供细菌组成和相对丰度的信息，为临床决策和科学研究提供支持。

基于16S rRNA扩增子定序的肠道细菌群落分析，为临床和研究应用提供快速微生物多样性评估。

16S rRNA基因定序

全宏基因组测序（mWGS）能够读取临床样本中所有存在的DNA，无需在实验室中培养任何微生物。它不针对单一病原体或基因，而是一次性捕捉整个微生物群落的遗传信息，同时识别细菌、真菌、病毒及寄生虫。

传统微生物诊断依赖培养技术，但培养方法会遗漏难以生长的微生物，需要数天至数周时间，且无法呈现微生物群落的完整结构。mWGS克服了这些局限：由于无需预先知道寻找何种病原体，对于常规检测未能确诊的感染尤为有效。

本检测具有两大互补应用：

**感染性疾病诊断：** 对于培养阴性的败血症、不明原因的脑膜炎或脑炎、免疫功能低下患者的肺炎，或复杂伤口感染，mWGS可识别致病微生物，并同步使用精选数据库筛查抗生素耐药基因，为靶向抗菌治疗提供依据，协助临床医生减少广谱抗生素的使用。

**微生物组分析：** 肠道、口腔、皮肤及呼吸道微生物组的组成日益被认为是影响健康与疾病的重要因素。微生态失调已与炎症性肠病、代谢综合征、反复感染、特应性疾病乃至神经系统疾病相关联。mWGS可提供微生物组的物种级及菌株级分辨率，并涵盖微生物群落编码的代谢通路功能信息。这超越了分辨率有限且无法检测真菌、病毒或寄生虫的16S rRNA扩增子测序方法。

鸟枪法宏基因组测序，用于肠道微生物组分析、培养阴性感染诊断及抗生素耐药基因检测。香港。

全宏基因组测序（mWGS）｜微生物组分析及病原体检测｜Codex Genetics

全宏基因组定序可鉴定临床样本中所有微生物，包括细菌、真菌、病毒及寄生虫，实现无需培养的病原体识别及同步抗生素耐药基因分析。

全宏基因组定序（mWGS）

元基因組學

利用宏基因組定序技術，全面分析腸道微生物群落的組成及多樣性。

此檢測分析細菌中高度保守的 16S RNA 基因。透過對該基因特定區域進行測序，可以準確識別與分類樣本中的細菌種類。此方法廣泛應用於微生物組研究、臨床診斷及環境研究，用於分析微生物群落、檢測病原體以及研究細菌多樣性。檢測結果能夠提供細菌組成與相對豐度的資訊，為臨床決策與科學研究提供支持。

基於16S rRNA擴增子定序的腸道細菌群落分析，為臨床和研究應用提供快速微生物多樣性評估。

全宏基因組定序（mWGS）能夠讀取臨床樣本中所有存在的DNA，無需在實驗室中培養任何微生物。它不針對單一病原體或基因，而是一次性捕捉整個微生物群落的遺傳信息，同時識別細菌、真菌、病毒及寄生蟲。

傳統微生物診斷依賴培養技術，但培養方法會遺漏難以生長的微生物，需要數天至數週時間，且無法呈現微生物群落的完整結構。mWGS克服了這些局限：由於無需預先知道尋找何種病原體，對於常規檢測未能確診的感染尤為有效。

本檢測具有兩大互補應用：

**感染性疾病診斷：** 對於培養陰性的敗血症、不明原因的腦膜炎或腦炎、免疫功能低下患者的肺炎，或複雜傷口感染，mWGS可識別致病微生物，並同步使用精選數據庫篩查抗生素耐藥基因，為靶向抗菌治療提供依據，協助臨床醫生減少廣譜抗生素的使用。

**微生物組分析：** 腸道、口腔、皮膚及呼吸道微生物組的組成日益被認為是影響健康與疾病的重要因素。微生態失調已與炎症性腸病、代謝症候群、反覆感染、特應性疾病乃至神經系統疾病相關聯。mWGS可提供微生物組的物種級及菌株級分辨率，並涵蓋微生物群落編碼的代謝通路功能信息。這超越了分辨率有限且無法檢測真菌、病毒或寄生蟲的16S rRNA擴增子定序方法。

宏基因組定序，用於腸道微生物組分析、培養陰性感染診斷及抗生素耐藥基因檢測。

全宏基因組定序（mWGS）｜微生物組分析及病原體檢測｜Codex Genetics

全宏基因組定序可直接鑑定臨床樣本中所有微生物，包括細菌、真菌、病毒及寄生蟲，實現無需培養的病原體識別及同步抗生素耐藥基因分析。

Metagenomics

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Whole Metagenome Sequencing (mWGS)

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